Quel est le bon volume ?

Cellules, fragments de tissu, excréments… les animaux ne cessent de semer leur ADN dans leur environnement. D’où l’idée que séquencer l’ADN présent dans l’environnement d’un site donné (ADN environnemental, ADNe) permettrait d’avoir une photographie de la biodiversité du-dit site. On comprend que les techniques d’ADNe soient très en vogue actuellement, en particulier pour étudier les écosystèmes aquatiques.

Pourtant le volume d’eau à échantillonner, qui n’est pas encore standardisé, rend difficile les comparaisons entre les très nombreuses études publiées* et soulève des incertitudes quant à l’exhaustivité des inventaires ainsi réalisés. Des tests ont été faits et publiés par des équipes de recherche afin de déterminer le volume optimal à prélever pour obtenir des inventaires optimaux des assemblages de poissons dans les cours d’eau tropicaux riches en espèces.

*Pour découvrir l’une de ces études cliquez ici.

I. Cantera et al. (2019) Optimizing environmental DNA sampling effort for fish inventories in tropical streams and rivers. Scientific Reports volume 9, Article number: 3085 (2019)